接下來，馮雲山在聖軍中又頒佈諭令，製作聖王大印，對下轄主要將領官職重新授予，重發官照。
武將方面，升林鳳祥爲土官正將軍，越級升羅大綱爲金官副將軍，李開芳爲炎官副將軍，升劉勝邦、白暉懷爲御林侍衛，職同副將軍，樑立泰爲木一總制，蘇三娘爲水一總制，胡大妹爲水二總制，盧七升爲監軍，陸順德、何賤苟、陳德風均升爲軍帥。
其餘羅大綱的族兄羅瓊樹和羅大綱的兒子羅飛德都由旅帥升爲師帥，仍在羅大綱帳下聽命；譚紹光、鄭元伯、蔣天益、何祿等更越級授師帥職。陳天仕、陳水太授旅帥職。陳玉成、江忠義、範汝增、林始發、譚體元、林啓榮皆授予卒長職。
說到江忠義，他唯一的任務便是，以身說法，勸說在押的清軍俘虜投降，確定不降的或者罪大惡極的清兵，也由他帶人執行斬首，如此一來，他再也回不了頭。
儘管這樣，在他身邊，還始終跟着一臉警惕的譚體元，時刻監督着，即便譚不在，也會換其他聖兵盯着。
文官這邊，黃玉昆仍爲殿左一指揮，黃益芸爲聖軍總拯危急，職同總制，吳如孝任聖軍副總典買辦，職同總制，周勝坤任聖軍副總典聖庫，周勝富任聖軍副典硝，曾玉珩爲聖軍典機匠，曾觀瀾爲聖殿承宣，謝享才、何見機均爲聖殿簿書。
當天便開始全軍整編，廢除原有太平天國後一軍至後四軍番號。
將原後一軍改爲聖一軍，從新加入鄉民中挑選強壯者二千四百人，加上原有二千八百將士，共計能作戰的牌面將士五千二百餘人，勉強達到一軍完整編制的四成，既保證了基本編制，又不失戰力。
另外爲幫助聖一軍從後勤俗務解脫出來，集中力量作戰，馮雲山又再配以百分之二十的非作戰牌尾比例，予以輔助，不佔聖一軍編制，聽從聖一軍指揮，從牌尾、輜重營中補入夥夫、衛生清掃、漿洗、守衛巡查等後勤輔助人員一千餘名。
聖一軍由新任金官副將軍羅大綱統率，陸順德任軍帥，羅瓊樹和羅飛德任師帥。
原後二軍改爲聖二軍，亦與聖一軍類似，從新入鄉民中挑選二千五百餘人，加上原有的三千五百名將士，共計能作戰的牌面將士六千餘人，配以非作戰的牌尾部隊一千二百餘名。
聖二軍由新任土官正將軍林鳳祥統率，盧七爲監軍，陳德風任軍帥，譚紹光、鄭元伯任師帥。
又將後三軍後四軍全部解散，新成立聖三軍，新附天地會衆均納入其中，合計七千餘人，因招兵時在大帳外四處樹立大旗，上書道州營，故此衆人又稱聖三軍爲道州大旗營。同樣配以非作戰的牌尾部隊一千五百餘名。
聖三軍由新任炎官副將軍李開芳統率，水一總制蘇三娘副之，何賤苟任軍帥，蔣天益、何祿等本地人士任師帥。
另外，又單獨設置聖王御林軍和後勤軍兩軍。
聖王御林軍由殿左一指揮黃玉昆統轄，含親衛營、細作營、監察營。
劉勝邦領親衛營，目前暫時只有親衛二百餘人。樑立泰領細作營，有細作二百餘人，大部在外探查消息，又從解散的後三後四兩軍中，挑選其中能戰女兵補入四百餘人，編進細作營，加強細作偵查力量。白暉懷領新成立的監察營，暫時從細作營中抽調十數人，專司監察各軍將領之責。
後勤軍，暫由馮雲山親自統領，含女護營、繡錦營、器械營、輜重營。
挑選八百年輕者，皆編入女護營。剩餘一千五百婦女，皆入繡錦營，由樑立泰之妻廖大妹統管，負責紡織布匹，縫製軍服旗幟。
女護營仍由胡大妹統領，由黃益芸日常教授醫理，專司傷病聖軍將士的救死扶傷之職。器械營和輜重營暫由剩餘的童子軍和原輜重牌尾等組成，分別由曾玉珩和周勝坤統領。
所有軍營中專職聖教教職人員，均由廣@西老兄弟推舉選出，再報馮雲山任命。
新編入的聖軍戰士大部分爲道州附近天地會衆，都是廣@西、糊@南邊境的農民，久經戰事，其單兵作戰等軍事經驗，已遠遠超過多年未曾訓練的清廷綠營士兵，只是軍事配合較差，屬於流寇作戰模式。
而太平聖軍的廣@西老兄弟，在一年來的廝殺中，迅速的成熟起來，基本具有下層軍官的基本素質和臨陣指揮才能。兩者結合，則只待一個指揮者，將他們有效的組織起來，便能成爲一股決定乾坤的巨大力量。
馮雲山，當仁不讓地，成爲了這個指揮者。
馮雲山根據記憶，又讓謝享才蒐集資料，進行整理，專門編寫了初步的練兵之法。以明代著名軍事將領戚繼光所創的《紀效新書》和《練兵實紀》部分內容爲範本，融合後世無敵軍中的思想教育，形成了《聖軍練兵紀要》。
由於時間的倉促，暫時只收錄操練、行營、實戰、聖教組織建設等內容，其他膽氣、營陣、守哨、戰法、武器等內容，待日後再慢慢完善。
其中，聖教組織建設，乃是馮雲山根據後世無敵軍的軍隊思想教育內容，結合聖教教條、聖軍軍紀等各方面內容，糅雜在一起的思想建設綱領，一個目的，就是給所有聖軍戰士，潛移默化地植入一切以聖教、聖王的思想爲主導思想。聖軍，以保護聖王和聖教爲榮，以服從聖王命令爲天職。
接下來，太平聖軍一邊組織牌尾和民壯蒐羅道州城附近鐵器、火器等，一邊蒐羅永州附近的鐵匠，籌劃鑄造火炮，打製裝備武器等。
而軍營內部，由各級軍營主官組織聖軍軍衆，根據簡要的《聖軍練兵紀要》進行體能和軍事操練。
每天夜晚，馮雲山則抽調聖軍中各級專、兼職聖教教職人員，上夜校識字。由他親自訓話，宣講灌輸聖教指揮各級軍隊的理念。馮雲山訓導，在人間，聖王是唯一與天帝對話的人，以免又跳出一些朱秀清、馬秀清出來宣稱自己是天帝代言人。
然後，馮雲山將自己得到天帝搭救和指示的經歷總結出來，再糅雜一些儒教、道教大家的語錄，僞稱爲天帝言語，匯成小冊子《天帝諭言》，組織夜校學習，給自己增添一份神聖色彩。
接下來，馮雲山套用後世得來的一點傳銷知識，組織盧七、胡大妹等親信輪番上臺現身說法，鼓吹聖教和聖王的神聖英明，營造會場氣氛。同時，又宣講推翻清妖朝廷，拯救漢民百姓，便是行善積德，將來靈魂得救，永享天堂，後世子孫富貴滿堂。煽動得各級聖教教職人員心中熱血沸騰，熊熊鬥志激昂不已。
就在聖軍如火如荼地整編操練的時候，馮雲山一面派遣大量細作撒佈出去，探知永州方向清兵動向的同時，將他的目光，開始移向了南方不遠的江華、永明兩縣。