滿城內的清兵，大部分是旗兵，還有小半壯勇，此時已沒有退路，在江寧將軍祥厚的率領下，負隅頑抗，拼命死戰。加上祥厚、副都統霍隆武督兵嚴格，防守得當，太平軍一時間竟然攻不下滿城。
而滿城原是明代修建的皇城，寬闊雄偉，城高牆厚，易守難攻。加上滿城總兵力有八千餘清軍，旗兵就有近四千，加上幾千壯勇，和住在滿城內的旗人，生絲存亡之際，都爆發出巨大的鬥志。都統霍隆武甚至逼着將滿族婦女和老人兒童也拉上城頭守城。
楊秀清見只差滿城一處未攻克，惱怒的同時，又心癢癢，只要佔領這滿城，便能全佔了江寧城。而且，滿城裡的財富，想必是最多的！當即，他命令將滿城團團包圍，同時進攻。
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次日，在猛烈炮火的掩護下，太平軍從各個方向同時展開強攻。
秦日綱、胡以晄、曾水源、朱錫琨等同率太平軍連續發動三次進攻，都被八旗兵擊退，太平軍踏屍而上，前仆後繼。雙方傷亡都十分慘重，戰鬥激烈程度遠遠超過江寧外城的攻防戰。
激烈的戰鬥，讓雙方都死傷慘重！
滿城城頭上的八旗兵戰死上千人，超過城內旗兵的三分之一，旗人婦女兒童，更是死傷千餘。
而太平軍由於不惜代價地強攻，也是遭遇有史以來最大的慘重損失，陣亡居然達到三千餘人，還有近二千人受傷。
楊秀清也被滿城裡的旗兵兇猛的鬥志和戰力所震驚，但他當然不會承認自己下令強攻的錯誤。
藉口體恤將士們連日奮戰的辛苦，楊秀清命令主攻的四軍將士暫時休整。
他調來翼王石達開的左軍和北王韋昌輝的右軍，讓他們二軍繼續猛烈進攻滿城。
憋着勁的翼王左軍和北王右軍，不知旗兵底細，一齊而上，頓時又是一場慘烈的殺戮，雙方彷彿是交換性命一般，相互收割着對方的首級。
滿城內的旗兵，情知城破後必然慘死，是以個個奮不顧身，竟然爆發出巨大戰力。不到二個時辰，北王的右軍便死傷上千人，北王惱羞成怒，又迫於東王之命，將自己的最能打仗的弟弟韋俊也派出。而石達開也是暗自憋着一口氣，將自己幾個堂兄弟也全部押上，督軍奮戰，這樣一來，連番作戰的滿城守城旗兵和壯勇，自然吃不消，連番敗退，眼見就要攻下城來。
楊秀清命令鳴金收兵。石達開和韋昌輝暗自憤怒不已，情知東王眼見勝券在握，又要搞小動作，但太平軍等級森嚴，便是北王翼王，亦不敢違背東王的軍令。他們只得悻悻收兵。
不過，這回，倒也不能怪楊秀清搞手段。而是他發現了滿城內的旗兵，都非常疲倦，都是強忍着支撐在戰鬥。因此，他宣佈收兵，讓城內的清軍鬆懈下來休息。
他知道，人在高度勞累之後，若是硬逼着，卻還能堅持，但一旦鬆懈下來，想在繃緊，便不成了。
楊秀清又命人在城外架設高臺大喊，說是准許旗人投降，投降不但不殺，還放其離開江寧城。旗兵見到有活下去的希望，頓時紛紛不想再繼續作戰，精神和鬥志一下子，全部鬆懈下來。
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楊秀清命令滿清內的壯勇開城門投降，並許諾金銀和高官，一時間，城內的壯勇心動不已。
江寧將軍祥厚和副都統霍隆武眼見情勢不妙，命令旗兵將蠢蠢欲動的數十名壯勇斬殺，但這樣一來，卻讓其餘的壯勇更是四散奔逃。
城外的楊秀清得知滿城內情況後，立即重新組織已經休息好的秦日綱、胡以晄、曾水源、朱錫琨等率軍繼續猛攻。
滿城內的旗兵好多都連續戰鬥，沒有間歇休息，又連日飯都沒吃，已經累得不行，一躺下便睡着不醒，無力再戰。其餘旗人老人和婦女兒童，均不堪一戰，四處潰逃，太平軍趁機一舉攻破了滿城。
江寧將軍祥厚，眼見城破，自刎而亡。
副都統霍隆武卻率領手下五百精騎兵，想打開城門，衝出包圍，但很不幸，正巧碰上正無處發火的翼王左軍將士，一番砍殺，五百騎兵在街道上無法衝起速度來，不但沒騎兵優勢，反而成爲靶子，很快被屠戮一空。
霍隆武被上百把長矛戳中身子，千瘡百孔，從外面看已經全是矛柄，看不見人。
滿城內的旗人和壯勇連忙大開城門投降求饒，但楊秀清和衆將士惱怒被旗兵殺死的數千兄弟，隨着東王楊秀清的一句冰冷而斬釘截鐵的聲音：“都屠盡了，不許放走一個。”
很快，滿城內剩餘的二千旗兵和三千壯勇，全被太平軍殺戮一空。其餘的普通旗人，包括婦女兒童，四處躲藏，被五萬多名太平軍將士逐家逐戶地搜尋，斬殺。
最後，整個滿城內，共計一萬四千多名滿清旗人，全都被太平軍屠戮一空。一時間，滿城內，血流成河。
太平軍徹底佔領江寧城。
正月二十九日，一大早，楊秀清率領北王、翼王、秦日綱、胡以晄等太平軍一干大員前往長江江畔，迎接天王洪秀全進江寧城。
楊秀清身穿大紅袍、頭戴貂皮帽，面無表情地望着遠處漸漸駛來的巨大明黃色龍舟。同樣是一身大紅袍的韋昌輝和石達開緊隨其後，其餘人員或遵太平天國制戴官帽、或扎黃甲，簇擁跪迎，恭候天王下船。
龍舟靠近，率先數十人跳下船來，將船固定。又十餘人下來，手持木板，以自己的背脊爲支撐，將木板斜靠在船舷和岸邊，顯然是供天王下船踏步之用。
這時，百餘名少年親衛，簇擁着一名頭戴明黃盤龍金冠，腳踏華麗的黃緞繡龍鞋之人下得船來。
只見此人身着正黃繡龍袍，十分華麗，幾乎垂至腳面，繡花的黃色緞袍，上面綴着浮起的金飾和金銀紅三色絲盤成的龍紋，十分威嚴。只是蒼白的面頰，露出興奮地潮紅色，眼瞼有些泡腫，一看便是沉浮於酒色之中，一副被掏空了的腎虛之相。
此人正是天王洪秀全！在前面的殿前右二指揮蒙得恩，小心翼翼地攙扶着他，慢慢下了船。
洪秀全瞟了衆人一眼，雙目一變，臉上已是堆滿笑意，哈哈笑道：“東王，都是自己兄弟，又是新佔江寧，何苦興師動衆地前來迎接朕？”
楊秀清臉上此刻也是堆滿笑容，恭謹地回答道：“天王兄，您乃太平根本，迎接您，纔是天大之事！”
洪秀全滿意地點點頭，拉着楊秀清的手，一道往前走去。
行了十餘步，便早有一輛十六人擡的明黃盤龍黃呢大轎，在那等候，卻是東王楊秀清提早安排，供洪秀全乘坐。
洪秀全見了這個十六人的黃呢大轎，面色微沉，眉間便是一皺。旁邊的楊秀清察言觀色，見天王不喜，再一看黃呢大轎旁站着的十六人，頓時一驚，暗自鬱悶：“咳，自己事情一多，竟然忘記了身邊這位好面子講禮制的天王兄，素來喜歡八八之數，這隻有十六人擡的轎子，難怪他面色不善。”
當下，他連忙吩咐身後跟隨的東殿簿書曾水源一番，又轉頭賠笑和天王閒聊了幾句。半刻之後，曾水源領着48名身材魁梧，頭戴黃帽身穿明黃馬褂的壯漢來到盤龍黃呢大轎處。楊秀清連忙恭請洪秀全上轎。
見到64名孔武有力的轎伕，洪秀全有些滿意，進入轎內。
這時，天王的依仗也紛紛下得船來，趕緊趕至四頂黃轎的前面，精神抖擻地打起依仗，幾百人高舉旗幟，64對敲鑼手，64對吹鼓手，均身着在武昌城內統一的明黃馬褂狀制服，吹吹打打，在曾水源等人的領路下，往江寧城進發。
天王64擡大轎之後，緊隨着的，是36名廣西大腳女人，雖冬日裡着短衫長褲但一絲不覺寒冷，個個手持日照傘，騎馬相從。
東王、北王和翼王三頂十六人擡的黃轎，緊隨大腳女人之後，再往後又跟隨着上千騎馬的天王衛隊，以及上百名騎馬坐轎的王娘等家眷。
接着又是幾千兵將，喧嚷聲聞幾十裡，讓江寧城中之人震驚不已。
洪秀全選擇的是從水西門進入城中，因爲有個水字，暗自符合他的洪字。
到達水西門外，洪秀全讓人停下轎子，鑽出轎來，看着巍峨的江寧城樓，心中感慨萬千！
十年前，他參加完第四次科舉，結果又未中舉，還是一名落魄的秀才；五年前，他還潦倒無比，想找那名叫羅孝全的洋牧師出家入教，結果被認爲心不誠、認識不夠而遭拒絕；一年多前，他率領萬餘人的隊伍，被滿清圍剿，在廣西瑤山之中四處躲藏。
但沒想到，今日，他竟然能站在這朱元璋曾經站過的水西門前，準備接管這座六朝古都，當做自己的國都！
從今往後，這個近百萬人的巍巍古都，便是屬於他一個人所有！
而且，隨着自己麾下的將士四處出擊，佔領的城池會越來越多，總有一天，他會回到那座曾經參加過四次科舉的廣州城，讓那些曾經嘲笑過自己的考官和考生們，還有那些客棧老闆小二們，甚至，那個那些可憐過自己的路人們，讓他們知道，他們都錯了！他們錯過了一位偉大的天才，一位地上天國的締造者！
不過，他忽然腦海中出現了一名儒雅的讀書人模樣。南王！
“雲山！離我而去，佔領廣州也不向我稟報，到底是被迫無奈，還是你真的另有想法？不管怎樣，想必你現在想必開始後悔了吧。如今我擁有這繁華的都城，數十萬將士，貴爲天王。假如你一直跟隨於我，此刻便能有一場富貴！若是你現在來投奔我，前來求我，可能，我會給你個機會，可能，又不會給了，因爲你，也有野心了。”
“天王，吉時已到。可以入城了！”正當洪秀全想入翩翩時，蒙得恩的聲音打斷了他的遐想。
洪秀全連忙收拾好心情，重新上了轎子。吉時----未時二刻末、三刻初之際，洪秀全坐着黃呢大轎，通過水西門，正式進入江寧城中。