會後，馮雲山將羅大綱、林鳳祥、左宗棠、崔大同、陸順德、譚紹光、許祥光等人留下。
“本王留下你們，想必都心裡清楚了！”馮雲山直接說開了：“以後，聖軍，哦，不對，從現在起，要叫中華討虜軍！以後討虜軍的主要具體指揮者，不是本王，而是準備要成立的總參謀部！而你們，便成爲總參謀部的骨幹！”
見衆人一臉喜色，馮雲山繼續說道：“總參謀部直接對本王負責！總參謀部負責人稱爲總參謀長，設一正二副。總參謀部下設五大處：作戰處，作訓處，情報處，後勤處，軍事科學處。”
“大綱兄弟，還有林兄弟，你二人要指揮軍隊，便不進入總參謀部了！但這次總參新成立，人手不夠，並且需要儘快編制《中華討虜軍編制章程》，因此，這幾天你們留在這裡，幫忙參詳。”馮雲山直接佈置任務。
羅大綱和林鳳祥臉色黯然，他們沒能進入聖王所說的這麼重要的總參謀部，雖不至於對馮雲山不滿，但心中難免不快。
馮雲山見狀，解釋道：“大綱兄弟，林兄弟，總參謀部雖說重要，但畢竟只是參贊謀劃，具體作戰還得你們來指揮將士們執行。而且，想進入總參謀部，首先起碼要能識字寫字，否則，如何看懂作戰計劃？而且進入總參謀部後，便不能率領士兵了。你們自己考慮，要是想進總參謀部，首先一點，三個月內必須能認識一千個以上的漢字。”
聽到這裡，羅大綱和林鳳祥連忙搖頭，將心思去得一乾二淨。開玩笑，他們勉強只能認識自己的名字，讓他們重新識字，和讓他們繡花沒什麼區別。而且，進了參謀部便不能帶兵，對於這點，他們兩人均不能接受，還是乖乖領兵作戰得了。
看兩人模樣，馮雲山暗笑，繼續說道：“以後，討虜軍以及總參謀部等機構的職務長官，都稱爲某長。鑑於你們都不甚熟悉總參謀部的情況，暫時便由本王暫時兼任這個總參謀長！由陸順德、左宗棠兩人任副總參謀長；作戰處處長由陸順德兼任；譚紹光任作訓處處長，崔大同任作訓處副處長；情報處處長由左宗棠兼任；許祥光暫任後勤處副處長，軍事科學處由徐壽任副處長。”
“作戰處的職責是負責討虜軍總體戰略戰術，制訂作戰計劃和動員計劃，並幫助作戰部隊實施，指揮並協調各軍隊的作戰行動。”
“作訓處的職責是負責討虜軍軍官的培養、選拔和士兵的訓練，以及組織完善不同軍中的聯合作戰。”
“情報處的職責是蒐集和提供一切有利於作戰的情報，包括敵軍的情報，戰場環境、天氣、武器裝備等一切因素，爲作戰處和作戰部隊提供情報支持。”
“後勤處的主要職責是負責討虜軍將士的吃、穿、住、行等後勤需求，並制訂作戰軍隊的行軍交通方式，提供工程兵勤務和營地、構築陣地等方案，幫忙聯繫支援部隊儘快到達。
“軍事科學處的主要職責是研發並生產先進的武器裝備，並提供先進的測量、統計、地形測繪等幫助。現階段是招募和收集各類工匠，還有洋人的科學家，研發新式武器裝備。”
一口氣將自己對總參謀部五大處的設想說了出來，馮雲山將後世普魯士和華夏的軍事總參謀制度基本都涵蓋在內。
左宗棠剛開始還只是覺得這個總參謀部只是聖王發明的一個新名詞，仿照滿清的軍機處設立的一個機構。最多招幾個幕僚，幫忙參贊軍事。
隨着馮雲山越說越多，越說越順，一個嚴密而系統的軍事指揮機構呈現在左宗棠眼前！他越思量，便越覺得這是一個偉大的軍事創造。
這個總參謀部一旦建成，必將成爲指揮討虜軍的一個關鍵機構，不但能將成爲一個培養軍隊精英和專門研究戰爭經驗的學堂，還是一臺高效地發動戰爭並用盡一切辦法取得勝利的利器。
說完總參謀部的職能和人員任命，馮雲山當下便說了自己的一些軍制改編的想法，讓左宗棠等人進行整理，都編入到《中華討虜軍編制章程》裡面去。
……
二天後，馮雲山首先宣佈改組聖教，將原來的拜上帝聖教，改爲中華復興會。
馮雲山自任會長，是最高領導人，任命羅大綱爲副會長。下設執行委員會，爲中華復興會的權利組織機構。
執行委員會成員人數不固定，全部由馮雲山任命，對馮雲山負責。
執行委員會下暫時設立庶務部、宣傳部、調查部、財政部、內務部、外務部以及安全部、教化部與工匠部等九個下屬機構。
在馮雲山的構想中，庶務部是整個中華復興會的各類行政事務中心，併爲自己提供智囊幕僚的支持，有點類似於後世的某辦公廳，總體牽頭諸般事務。
而宣傳部，則負責在中華復興會內部和外部進行各類宣傳活動，特別是對廣大百姓的宣傳。
調查部，則是抓中華復興會的內部調查和紀律，以及轄區的百姓、軍隊、商賈等各類調查處理，有點類似後世的紀檢委。
財政部的職責較爲清晰，抓收入與支出，相當於原來聖教中的總聖庫。
內務部，負責內部管理，會衆的培養與發展，類似於後世的組織部。
外務部，則負責對外的聯繫，外交與商貿。乃是外交、商務、統戰和對外聯絡的綜合機構。
安全部，則負責馮雲山的保護工作；對中華復興會所轄百姓的保護；對各類案犯、奸細間諜的抓捕緝拿，以及對敵人的破壞與暗殺活動。
教化部，則負責教化中華復興會中兄弟和所轄百姓，發展教育和醫療衛生。
工匠部，則負責佔領區的一切建設，發展房屋、交通、水利、礦場以及其他設施。
所有聖教會衆，自動轉爲中華復興會會員。
本來，馮雲山只想將聖軍編制整編改革一下，但隨着他與手下的討論和自己的思索，發現不改編聖教，便無法改編在聖教基礎上成立的聖軍。
聖教的改動，影響實在是太大，但馮雲山已經意識到，隨着太平軍的進一步攻佔南京城，建立起穩固地太平天國地方政權，依照洪秀全和楊秀清兩人的性子，遲早跟原來的歷史上一樣，會實行一些天怒人怨的民間政策，尤其是禁止百姓有私有財物，所有一切要上交聖庫，以及滅絕一切其他宗教、焚燒一切其他書籍的行爲，導致民心大失。
因此，馮雲山決定改組聖教，與將太平天國名聲徹底搞壞的洪楊等人劃清界限。
反正，理由已經找好了，天地會“逼”着自己這樣做的！只要給自己一些時間，發展起來，便徹底不用與洪楊兩人虛與委蛇。
緊接着，馮雲山又宣佈，廢除原來的“太平聖軍”稱號和一切聖軍有關編制、職務，設立“中華討虜軍”。
馮雲山將中華討虜軍軍制，在採用後世普魯士和北洋軍閥三三制軍制的基礎上，又稍微做了些修改。
隨後，馮雲山頒發了《中華討虜軍編制章程》。
《章程》首先規定了討虜軍的軍制。
最基層的軍隊編制爲班，最大編制爲軍。
由下往上依次爲班、排、連、營、團、旅、師和軍。
《章程》規定，中華討虜軍由中華復興會唯一指揮，會長馮雲山是最高統帥。
爲加強中華復興會對討虜軍的指導，連以上的建制單位，都必須成立分會，由上一級建制單位指派會員擔任專職指導員，協助主官抓好軍隊的軍事建設。
連、營級設對應級別的指導員，團級以上設中華復興會執行委員，簡稱執委，主官本單位內的中華復興會內部事宜，負責本部官兵的晉升、提拔等，位高權重，僅次於團長等職務。
班：士兵10人，加上正副班長，共計12人。
排：三個班爲一排，加上正副排長，共計38人。
連：三個排爲一連，每連設立連部，含連長、指導員、副連長、司務長、傳令兵和醫護員、文書等人，並且每個戰鬥連都還配有8人的炊事後勤班，人數總共在130人。
營：三個連爲一營，每營設立營部，含營長、指導員、副營長、傳令兵和文書，還有5人編的營警衛班，共400人。
團：三個營爲一團，每團都設立團部，含團長、團執委、副團長、團副執委、團參謀長以及幾名傳令兵和文書，還有直屬團部的警衛排38人，偵查排30人，2個醫護班20人，共1300人。
這是標準步兵團的編制。另根據武器裝備和戰鬥需要，成立特殊作戰任務的炮兵團、工兵團、輜重團等編制，人員則根據具體需要。
旅：旅又分爲甲等旅和乙等旅兩種，甲等旅含四個團，乙等旅含三個團。
旅部內有旅長、旅執委、副旅長、旅副執委、旅參謀長、副參謀長等人，並在旅一級編制中設立參謀部，分爲作戰組、情報組、作訓組、軍需組等，內有幾十名參謀，負責整理戰鬥情報信息，爲旅長提供資料並提出作戰建議，由旅參謀長主管。
旅部內還設有直屬的警衛連、偵查連、傳令排、醫護班、炊事後勤班等。
甲等旅約5700人~6000人。乙等旅4500人。
另外，還預留混編旅的編制，等日後中華討虜軍中有大量野戰火炮後，在甲等旅中再加入炮兵團、爆破連、工兵團等編制，屆時，混編旅將達到8500~10000人的規模。