當然遼東戰事的結束，並不意味着大中朝的軍隊便可以馬放南山、卸甲歸田了，大中朝也並未因此便可以就此高枕無憂。
北方亡了一個建奴，但是並不代表着就徹底安定下來，建奴的覆滅，短時間之內也造成了遼東勢力的一個真空期，被建奴欺壓了幾十年的蒙古諸部，在這個時候也開始蠢蠢欲動，開始試圖將觸角伸入到遼東之地。
對此肖天健和內閣大臣們也很快便有所察覺，隨即在天元六年初，肖天健便下了一道諭旨，在遼東成立遼東行省，暫時負責管理遼東之地，蒙古諸部非得到許可，不得擅自進入遼東之地放牧，同時肖天健採納了內閣的意見，以襄助朝廷剿滅建奴有功的理由，大封積極參戰的蒙古諸部以各種官職。
當然在敕封這些蒙古諸部的同時，大中朝也刻意的壓低一些大部落的地位，並且沒有明確給這些部落劃分他們的領地，說白了就是採取了二桃殺三士的辦法，讓這些蒙古諸部之間因爲地盤和官爵的差異，相互之間產生猜忌和仇視。
這種計謀對於漢人來說，根本就是小菜一碟，但是又不得不說，這種辦法卻是一個行之有效的辦法。
當然對於那些在此次遼東之戰之中，一些左右搖擺，抑或是堅決的站在了建奴一邊的幾個蒙古部落，肖天健也沒有忘記他們，一手拉一手打，讓蒙古諸部明白，今後誰要是再跟朝廷爲敵，也會落得這樣的下場。
故此在遼東之戰剛一結束，他便下旨令蒙古諸部對這幾個部落進行討伐，並且明令必將其滅族，凡是參與對其征討的諸部，可以瓜分他們的族人充爲奴隸，並且可以瓜分他們所擁有的草場，水源，作爲戰利品。
時之此時的蒙古諸部，內部早已是四分五裂，不過這些蒙古諸部有一個基本的認知，那即是現如今的中原王朝大中朝，已非當年的大明王朝那麼軟弱可欺，與之相對抗，只能是死路一條，在這兩年之中，他們許多部落配合大中軍進剿建奴期間，也都見識過了大中軍的厲害，故此對於大中朝，現在他們興不起一點對抗的念頭。
除了這些政策之外，肖天健還着令蒙古諸部，將他們部族之中最好的騎兵送至遼東和西北軍區服役，並且抽選諸部之中的少年進入到講武堂抑或是太學院進行培養，目的只有一個，便是通過這些手段，培養蒙古諸部的這些中堅力量國家意識感，久而久之，待到這些人都認同了國家這個概念之後，蒙古諸部一些人再想搞什麼分裂獨立，於中央對抗，便會失去支持。
另外爲了逐步加強對於蒙古草原的控制力，在天元六年開春之後，肖天健再次敕令遼東軍區騎兵一師和西北軍區騎兵師以及兩個步兵師，以及兩個兩萬人規模的勞役營，以劉耀本統帥，攜帶大量的建築工具，出大同府前往歸化城，重修歸化城。
而歸化城便是後世的呼和浩特，乃是早年明萬曆九年的時候，蒙古阿勒坦汗和他的妻子三娘子在這裡所築，因爲當時城牆用青磚砌成，遠望一片青色，“青城”之名由此而來。蒙古語爲庫庫和屯。明王朝賜名爲“歸化”。長城沿線的人們爲紀念三娘子，將此城稱作“三娘子城”。
大中朝之所以選擇這裡重新擴建歸化新城，其目的便是作爲今後大中朝深入蒙古草原的橋頭堡，此舉雖然蒙古諸部有所擔憂，但是大中軍攜剛剛滅掉建奴的大勝之威出關，即便是他們不太高興，也沒多少人敢說個不字。
而一個蒙古部落很顯然不太開眼，居然試圖阻止劉耀本率部前往歸化城，沿途屢次襲擾大隊人馬，並且殺害了幾百名勞役營的勞役，結果馬上便招致了劉耀本的鐵血報復，劉耀本親自率領三千多騎兵，在當地蒙奸的引領下，突然間便將這個蒙古部落包圍，一天之中，盡屠這個不開眼的蒙古部落全族共兩千餘人，徹底將這個部落從地球上抹去。
有此例子作爲警示，其餘的那些生活在漠南一帶的蒙古諸部頓時都老實了許多，紛紛表示歸服，再也無人膽敢阻止大中朝新建歸化城了。
故此在天元六年之後，混亂了近百年的北方，在大中軍的強力震懾之下，也徹底的穩定了下來，當然這種穩定暫時只是針對關內來說，在蒙古諸部之間，卻因爲利益的劃分不均，許多部落之間開始陷入到了相當長時間的相互爭鬥之中。
蒙古諸部的分裂正是大中朝上下想要看到的結果，大中朝利用先期培養的一批蒙古族的兵將，作爲大中朝的眼線，嚴密監控着草原上諸部之間的實力變化，按照肖天健和內閣大臣制定的原則，蒙古諸部之中決不許出現一個實力足以統一其它部落的部族，一旦發現，便必須要將其扼殺於萌芽之中。
只有讓蒙古諸部始終沒法統一，這纔是大中朝安全的保障，而且他們之間的相互爭鬥，最得利的一方自然是大中朝，而且大中朝嚴格限制對蒙古諸部輸出火器，但是卻並不限制對其輸出刀槍之類的冷兵器，蒙古不產鐵，他們獲取武器的主要途徑只有從中原進貨，這也是大中朝對其控制的一種手段。
總之短時間之內也許大中朝還不能很快的統一蒙古草原，但是長此下去，大中朝將逐步的在漠南朝漠北推進，建立起一座座的城市，直至將整個蒙古全部收入囊中。
天元六年肖天健除了對付蒙古的事情之外，在緬甸方面也傳回了一個大好的消息，通過特情處的努力，大中朝成功的在緬甸王國扶植起了緬甸國王的弟弟莽白，並且給莽白提供了十多萬龍幣的財力支持，使得莽白聯絡了不少緬甸國內的勢力，在天元六年夏的時候，莽白趁着大中徵緬遠征軍攻入緬甸腹地的機會，突然間在曼德勒發動了政變，殺掉了緬甸王莽達，進而派兵一舉將羈留在曼德勒的朱由榔抓捕了起來。
八月間新登基的緬甸王莽白，派人將朱由榔送交給了入緬的大中軍所部，並且派出使臣乘坐大中朝海貿集團的船隻，隨船返回大中朝，向大中朝進貢稱臣，請大中朝對其進行冊封，並且表示緬甸王國今後願意作爲大中朝屬國，永遠向大中朝進貢、
肖天健在十月的時候，才得知了這個消息，當即下旨冊封莽白爲緬甸國王，並且傳旨給李栓柱，將朱由榔就地處斬於成都府，徹底終結了這個大中朝的心腹之患。
但是對於大中軍已經佔領的緬北之地，肖天健就沒那麼好心再還給緬甸王了，這一帶地區直接便劃歸到了雲南省管轄，成爲了大中朝的一塊新的領土。
隨着遼東建奴的平定，整個遼東的資源隨即也開始被調動了起來，原來因爲禁絕關內外通商，而造成關內許多遼東特產的斷貨，特別是像人蔘鹿茸以及皮毛等物資，更是在關內有價無市，天價難求，可是這一切在天元六年裡，便發生了巨大的改變。
各種遼東的特產，被運入到了關內，而且大批關內的百姓得知遼東平定之後，出於對擁有一片屬於他們的土地的渴望，促使越來越多的漢人開始踏上了移民遼東之路，遼東在經歷了一場巨大的浩劫之後，緩緩的進入到了恢復期之中。
但是最重要的並不是這些，隨着遼東的平定，大中朝造船業嚴重短缺的大型木料，也徹底的得到了解決。
東北本來就是林業資源非常豐富的地區，特別是深山老林之中蓄養着大量的巨大樹木，這些木材正是造船的上好木料，雖然這裡沒有歐洲的橡木，但是同科同屬的櫟木資源卻很豐富，更有大量的高大粗壯的松木，也是不錯的造船材料。
大批建奴被俘虜之後，充入到了勞役營之中，被髮送到了山林之中伐木，然後再通過江河發送木排到海邊，最後被船隻拖運或者是裝載運到登州抑或是在浮山衛新建的造船廠，被用作造船之用。
同時爲了充分的就近利用遼東的木材資源，肖天健更下旨在旅順口籌建起了一座更大型的造船廠，來就近利用遼東充足的木材資源，打造船隻。
爲了更快的將這些遼東的木材用於造船業，山東以北的各個造船廠還建立起了一座座木材烘乾窯，專司負責爲造船廠處理木材，將潮溼的木材烘乾，否則的話，這些木材自然陰乾，就需要兩三年的時間甚至更長。
所以整個北方的造船業在遼東平定之後的一年多時間裡，迅速的便開始壯大了起來，造船業的發展帶動了相當多的產業的發展，首先大量使用的帆布，帶動的有農業方面對於棉花的種植，也帶動了北方紡織業的重新復興，另外造船需要的鐵製品，也帶動了冶鐵業的發展。
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