在佔領據點的行動穩步推進的時候，李牧同時又做了另一件事。即，推翻倭國‘天皇’之說，重塑倭國的政治體系。
其實在唐初，倭國的天皇之說，也就是剛剛出現不久。第一個提出‘天皇’之說的人，正是山背大兄王的父親聖德太子，在他攝政倭國的時候，寫了一封國書給隋煬帝，國書中寫道“東天皇敬白西皇帝”，曾引起過隋煬帝的怒火。
同時，這位聖德太子還做了一件事情，堪稱是開啓了倭國弄虛作假之源頭。他爲了讓後人接受‘天皇’，創造‘皇權天授’的法理性。借道教辛酉年之說，編排了“皇紀”。推古九年，辛酉年，聖德太子在斑鳩宮推行改革。因辛酉年每六十年出現一次，亦稱一輪。按道教的說法，每一輪辛酉年是發生變革之年。而第二十一輪的辛酉年則是發生徹底的大變革之年。於是，聖德太子以推古九年爲起點再往上推第二十一輪的辛酉年爲倭國建國之年。規定該年的陰曆一月一日爲神武天皇登極之日。按照這種推算法，把皇統向前多推算了大約一千年。
在這一千年的空白中，倭國沒有任何的文字記載，爲了填補這段空白，他又人爲地安插了十餘位虛構的天皇。並且爲每一位天皇，都編了年表故事，堪稱是老槍手了。聖德太子按照這種邏輯編修了倭國史。並且，燒燬了幾乎他能找到的所有民間史料，讓他編寫的歷史，成爲後人唯一能找到的歷史依據。
但其實，倭國哪有那麼長的歷史？真正有據可查的天皇，從第十五代應神天皇開始，纔有實物。
應神天皇，有陵寢現存，史料也記載得相對完整。他有過開發池溝，興修過水利，大力發展農業。應神十六年，百濟人王仁攜帶《論語》10卷，《千字文》1捲來到倭國，漢字始傳入倭國。倭國開始使用漢字--正式文書用漢字，且用漢字爲日語注音。應神時代，對應中原的三國時期，大批的沿海百姓因戰亂沒有出路，這些人給倭國帶來先進的文化和生產技術，極大地促進了倭國的發展，也是在這個時候，倭國開始有意識地派遣人員來中原交流。
從三國末年到唐初，最多也不超過三百年的歷史。與泱泱華夏相比，可謂不值一提。
天皇之說，纔出現不到一百年。即便在倭國，也沒有根深蒂固。大部分的倭國人，還是隻當自己是大和子民，而對天皇一說，並沒有十分在乎。
這也是李牧決心，推翻天皇之說的底氣。畢竟如果百姓已經認同了天皇之說，還是不好強行更改的，他想要殖民倭國，不能激起民憤是很重要的一點。
經過這麼多天的調查和研究，李牧總結出了不少的經驗。一個最明顯的表現就是，倭國人對天朝上國，還是非常買賬的。他們對中原有着無限的嚮往，任何跟中原沾邊的事兒，他們都心嚮往之。
有一些幾代之前遷居倭國的人，還會以祖上有中原血統而沾沾自喜。甚至不少投到山背大兄王陣營的人，他們根本就不是爲了山背大兄王，而是爲了站在他這邊的大唐。他們根本就不相信，憑藉蘇我氏父子，能夠跟天朝上國開戰。巨大的萬石船，帶來的視覺衝擊力，讓他們堅定不移地相信，天朝上國的實力是無限的。
在這一點上，後世的倭國也是沒什麼區別。
李牧便利用這一點，恩威並施。他給予親唐的倭國人‘上升’的渠道，同時加深這種差距，保持兩國之間的代差。他給予倭國的技術和任何形式上的幫助，都是大唐的淘汰品。讓倭國人永遠保持對大唐的嚮往，固化這種概念，讓其根深蒂固。
另一邊，他也在法理上面開始動腦筋了。
他糾集倭國的學者，重新修訂倭國曆史。雖然民間的史料已經很難找到了，但是人還是找得到。其中不少人，甚至參與了當年聖德太子編纂倭國曆史的工作。畢竟聖德太子才死了沒有幾年，這些人活着也十分正常。
李牧對這些學者，給予了相當的尊重。他沒有像聖德太子一樣，強迫這些學者篡改史料，而是希望他們用嚴謹地態度，重新修訂倭國史。因爲李牧心裡清楚，如果排除聖德太子造假的這些，倭國的歷史沒什麼稱道的地方，而且與中原王朝密切相關。
他找的這些學者，都是當年對聖德太子篡改歷史心存不滿的人。他們當年敢怒不敢言，現在有了李牧，有了大唐撐腰，一個個都憋着把被篡改的體無完膚的歷史修正過來的念頭，不用任何人督促，絲毫沒有半點怠慢。
很快，他們便把聖德太子嘔心瀝血‘創作’出來的十幾個天皇都一一駁斥了，跟李牧記憶中一樣，把現在這一系天皇的歷史，縮短到了第十五代天皇，並且，對第十五代天皇的年齡重新修訂了。
聖德太子編纂出來的歷史中，應神天皇活了一百一十歲，這在古代幾乎是不可能的歲數。訂正之後，這個年齡變成了六十九，雖然年紀也不小，但相對來說靠譜得多。
同時，他們深挖歷史。把應神天皇之前的倭國，稱之爲古倭國。在他們的定義裡，古倭國是一個由大大小小數百個國家組成的聯合體。這也是有證據可尋的，有人見過，聖德太子有一枚印章，上面刻着五個字，漢委奴國王。而在李牧隨船攜帶的書籍中，找到了印證。
《漢書·地理志》中記載：“樂浪海中有倭人，分爲百餘國，以歲時來獻”。
《後漢書·東夷列傳》“建武中元二年倭奴國奉貢朝賀，使人自稱大夫，光武賜以印綬。”
這些記載，可以還原出一個事實。在東漢初年，古倭國大大小小有數百國，其中一個較大的部落國王爲藉助強盛的漢帝國的權威，取得凌駕於其他部落王國之上的地位，於是遣使朝覲漢朝皇帝。漢朝皇帝嘉許其遠來恭敬之情，授以金印，賜名以倭。同時也體現出另一個事實，那就是當時的倭國，還是奴隸制的社會。因爲在《三國志·魏書》中有這樣的記載：“倭人在帶方東南大海之中，……（諸國）不盜竊，少諍訟。其犯法，輕者沒其妻子，重者滅其門戶。及宗族尊卑，各有差序，足相臣服。……下戶與大人相逢道路，逡巡入草。傳辭說事，或蹲或跪，兩手據地，爲之恭敬。”
根據這些考據，可以得出結論。即，現在的天皇一系，便是當年得到了中原王朝支持，統一了倭國的數百個小國中的一個，否則怎麼解釋聖德太子手裡會有‘漢委奴國王’印這一說？
當應神天皇統一了倭國，建立了天皇一系的時候，正趕上中原戰亂。所以天皇一系便不再依附中原，自成一派了。這纔有了後來，聖德太子弄虛造假，鼓吹萬世一系的事情來。
而真實的情況，倭國的國王就是要得到中原王朝的認可，纔有法理上的正當性。聖德太子也許就是意識到了這一點，想讓後世子孫跳出桎梏，才選擇胡編亂造的。
李牧要做的是撥亂反正，剔除掉聖德太子胡編亂造的故事，還原歷史的本真。如今核心的問題就很明確了，如果要證明學者們說的話有依據，直接把那枚金印找出來就可以了。
李牧詢問了山背大兄王，他有沒有見過金印。山背大兄王表示見過，並且形容了那枚金印的外觀，大小，重量等，都與提出這件事的學者說說分毫不差。但是問及金印在何處，他卻說不清了。
當年蘇我蝦夷立新天皇的時候，這些東西都落在了他的手上。也許他把這枚金印，交給了現在的舒明天皇，又或許他把這枚金印私自留下了，這都是說不準的事情。
但是現任天皇的皇居在江戶，距離不近，而且那裡是蘇我氏的大本營，必有蹭蹭的把手。想要找到一枚小小的金銀，何其困難。
就在李牧一籌莫展之際，返回揚州港的艦船，滿載着物資回來了。隨着艦船一起來的，還有獨孤九和二十名暗衛。獨孤九是護送白巧巧等人來揚州的，到了揚州之後，剛好遇到了趕來揚州看兒子的盧夫人。虯髯客一直在盧夫人左右，有他在，便是所有江洋大盜來了，也肯定近不得身，根本不需要獨孤九保護。剛好艦船回港，獨孤九便跟着艦船過來了。
兄弟三人多日不見，自然要接風洗塵。獨孤九見李牧悶悶不樂，便問緣由。李重義把李牧遇到的困難說了，獨孤九便笑了起來。他讓李牧稍等，不多時拉了一個尖嘴猴腮的小個子過來。
“大哥，我給你介紹，這是我手底下暗衛，他姓時，名叫時三兒。他可是一個身懷絕技的人，大哥對他可有印象麼？”
“時三兒？”李牧打量了一下時三兒，心中暗道，時三兒我不認識，時遷我倒是認得——但仔細盯着這人看了一會兒，李牧便想起來了，指着時三兒道：“當初我在大理寺監牢，是不是你挖洞進來要救我？”
時三兒咧嘴笑道：“正是小人，當時在白掌櫃手下做事，現在承蒙鎮撫使不嫌棄，已經是暗衛的一員了。”
獨孤九解釋道：“暗衛招人不拘一格，只要是有特殊本事的，我們就要。時三兒雖然打架不成，但是偷雞摸狗，挖洞撬鎖，尋人找物卻是有獨到之處，我看重他的本事，便招他進來，着實得力過幾回。”
“你有信心能找到？”
時三兒便詳細詢問了起來，李牧把金印的情況對他說了，時三兒聽完之後，卻沒有像料想中似的滿口答應，而是皺起了眉頭。
“侯爺容稟，非是小人不盡心竭力。實在是這件事，確實有難辦的地方。”
李牧沒好氣道：“我不知道難辦麼？好辦我早就辦了！”
“小人說的難辦是這麼回事兒、”見李牧急了，時三兒急忙加快了語速：“小人不會說倭國話，除非小人一個人碰不見，也不說話，否則一定會露餡兒啊。而這東西，又不知道準確在哪兒，肯定得打探消息，小人不會說倭國話，這消息如何打探？要是能確定知道，這個金銀在哪兒，在什麼人的手上，小人有十足的把握爲侯爺取來！”
“唉……”李牧嘆了口氣，他知道時三兒說的是實情。這裡不比中原，倭國人雖然寫漢字，但是說的話卻是倭國話。唐人就算學習了倭國話，說出來的語調也很奇怪，想不被人發現是不可能的。
“要不……”時三兒小聲建議道：“小人的本事，其實不難學，如果侯爺信得過本地倭人，找幾個身材矮小的來，小人稍加訓練一番，這件事應該也不難做到。”
“訓練？”
忽然一陣靈光從李牧腦海中閃過，爲了方便辦事兒，何不訓練一批情報人員，就像錦衣衛的暗衛——在倭國這應該叫什麼，忍者，對，忍者！
李牧派人把利兵衛找來，詢問了忍者的事兒。沒想到利兵衛竟然沒聽過忍者這個詞，李牧只好把忍者需要做的事兒形容了一下，利兵衛琢磨了一會兒，吃不準道：“依稀聽說過，當年聖德太子身邊，有這樣一個人。但是在聖德太子死後，這個人也自盡了。除了這個人之外，沒有再聽說過有類似的人了，就連蘇我氏也沒有這樣的人。”
這話李牧是相信的，如果蘇我氏有這樣的人，他早就派過來暗殺自己了。
李牧不得不佩服聖德太子了，這傢伙該不會也是穿越回來的吧，怎麼好像倭國這個歷史時間段稍微重要一點的事兒，都跟他脫不了干係啊。
雖然搞不清楚，聖德太子身邊的那個忍者是什麼情況。但是忍者計劃刻不容緩，人員也很不難找。李牧清楚地記得，在他前世，有一首歌是這麼唱的“伊賀流忍者的想法，只會用武士刀比劃……”