一、滿洲八旗兵
滿洲八旗來源於滿洲氏族部落組織。奴隸制時期的兵丁是自由民，作戰擄掠奴隸即可上升爲奴隸主階級。因此，八旗兵勇猛善戰，不同於漢族服役的士兵。
八旗分左右兩翼。右翼是正黃旗、兩紅旗、鑲藍旗。左翼是鑲黃旗、兩白旗、正藍旗。每旗設都統一人、副都統二人，統轄本旗軍民，掌管兵馬、錢糧以及戶籍、田地等事項；所屬參領五人（後增設副參領五人），承上啓下，管轄若干佐領。旗人戶籍都在八旗各佐領中，登記戶主氏族、官爵或閒散（無職者），備載父、兄、弟、子侄及戶下人等。三年比丁（查驗）一次，身高五尺以上或年滿十八歲的人爲壯丁（進關前後每佐領二百人，康熙十三年約爲一百三、四十人），驗看騎射，從中挑選兵匠。每佐領選充親軍二人，上三旗隸屬領侍衛內大臣，下五旗隸宗室王公；前鋒二人，隸前鋒統領；護軍十七人，隸護軍統領；步軍領催二人，步軍十八人，隸步軍統領；鳥槍護軍三人，鳥槍驍騎四人，炮驍騎一人，隸火器營；領催五人，驍騎二十人，弓匠一人，鐵匠或鞍匠一人，各隸本旗都統。
清朝定都北京後，滿洲八旗兵成爲保衛國家，鎮壓人民的工具，並連年被派往各地作戰。有“禁衛”（禁旅）、“駐防”之別。
禁旅八旗兵駐在北京。八旗兵丁分在京城各地，鑲黃旗在安定門內，正白旗在東直門內，鑲白旗在朝陽門內，正藍旗在崇文門內；正黃旗在德勝門內，正紅旗在西直門內，鑲紅旗在阜成門內，鑲藍旗在宣武門內。本旗都統率領驍騎按居止方位值班巡徼。八旗左右兩翼，各設前鋒統領一人，護軍統領一人，分別率領護軍參領、護軍校以及護軍營兵。前鋒營、護軍營平時警衛宮禁，皇帝外出巡幸則保衛行營。提督九門步軍統領一人，率領左右翼步軍總尉、步軍尉步兵，守衛外禁門、巡警城內、防火捕盜。內務府包衣三旗的前鋒、護軍、驍騎，原歸領侍衛內大臣統率，後歸內務府總管大臣統率，守衛宮禁。火器營爲特種兵，由王公大臣充任總統。滿洲八旗兵被皇帝視爲最可靠的軍事力量，是國家根本所繫。禁旅八旗兵以滿洲八旗爲主，留守京城，保衛皇室，稱爲京旗。遇有戰事，派出作戰，戰後仍回京城。駐防八旗兵，分駐全國各軍事重鎮，總數約數萬人，後漸有增加。
來源於氏族成員的滿洲八旗兵原來作戰時自備馬匹器械，擄掠財物奴隸歸兵丁所有。得充兵丁作戰是光榮而有利的職業。清朝佔領北京後，禁止擄掠，八旗兵丁仍須承受負擔。早在一六五五年（順治十二年）時，戶部尚書陳之遴就指出：“遠涉數千裡，長征一二年。出兵之時，買馬置械，措費甚難。凱旋之日，馬倒器壞，又須買補。滿兵月糧幾何，堪此重費。”（《清朝經世文編》卷三十五）八旗兵成爲國家軍兵，馬匹器械改由朝廷專設機構餵養和製作，兵丁靠朝廷發給糧餉生活。康熙時定製：前鋒、親軍、護軍、領催、弓匠長月給餉銀四兩，驍騎、弓匠、鞍匠三兩。此外，每年各給米四十八斛。步軍領催月給銀二兩，步軍一兩五錢，鐵匠一至四兩，年各給米二十四斛。炮手二兩，年給米三十六斛。八旗騎兵糧餉，相當於當時七品官（年俸四十五兩、米四十五斛）的俸祿，遠比綠旗兵優厚。但八旗兵丁駐守京城，脫離農事，單靠糧餉和朝廷的賞賜過活。旗丁家口日繁，生計日蹙。聚集在京城，無所事事，遊手好閒，戰鬥力也日漸削弱。康熙一朝，隨着封建統治的確立，八旗兵由奴隸制軍兵轉化爲封建國家的軍隊。八旗兵丁的“生計問題”，越來越嚴重了。
二、蒙古八旗與漢軍八旗
蒙古八旗與漢軍八旗也有禁旅與駐防之別，編制基本上與滿洲八旗相同。但漢軍八旗每佐領下置領催四人，馬兵三十人，步軍領催一人，步軍十二人，共計四十七人，與滿洲八旗略異。
編入漢軍八旗的兵丁，不再是分屬滿洲八旗的奴隸，而是國家直屬的軍隊。其地位當然低於滿洲八旗，但因降清較早作戰有功，軍事、政治地位又都優於入關後的漢人降軍綠旗。
吳三桂、尚可喜、孔有德、耿仲明等藩王，所率領的舊部雖按八旗制度編制，設統領，但各自成系統，並不隸屬滿洲八旗或漢軍八旗。在歷年作戰中，收降的綠旗兵，也由藩王直接管轄。“三藩”戰後，康熙帝將吳三桂藩下人丁編入內務府三旗，分遣到遼東各地。尚之信藩下十五佐領兵丁，改屬駐防廣州的漢軍旗。耿精忠藩下十五佐領兵丁，改屬福州的漢軍旗。原屬孔有德藩下的兵丁，也編入漢軍旗。
三、綠旗兵
清軍在作戰中陸續收降明軍，多達幾十萬人，不可能繼續依照八旗建制。降軍另行編組，旗幟概用綠色，因此被稱爲綠旗兵。綠旗兵以營爲主要的基層編制，因而又稱爲“綠營”。
綠旗兵的編制，大體上是省設提督，省內重地設鎮，由總兵官統領。下設副將、參將、遊擊、都司、守備、千總、把總等官職。總督、巡撫等地方官員節制綠旗官兵。總督、巡撫、提督、總兵官，各有幾營標兵（督標、撫標、提標、鎮標），專備調遣。副將所屬官兵稱“協”，駐守要地。參將至守備所屬官兵，都稱爲“營”，防守城邑、鄉鎮，守兵稱爲“汛”，駐防巡邏的地區稱“汛地”。京城設巡捕三營兵共有五千餘人（後增至萬人），由步軍統領兼轄。全國共設六十六個鎮（總兵官），約有綠旗兵六十萬人，是清朝的重要支柱。“三藩”戰爭中先後被調遣作戰的綠旗兵即有四十餘萬人。
“三藩”戰後，康熙帝對各地綠旗兵制作了下列改革：
（一）綠旗兵的將官由兵部任免，提督、總兵等大員，兵部開列，請旨簡放，後來副將也改爲開列。參、遊、守備等官，邊疆及省會衝要地方由督撫提鎮揀選才技優長、諳練地方的人員題補、調補，其餘各缺由兵部推升；千總、把總由督撫提鎮撥補。這就在全國範圍內建立起升調制度，兵部掌握軍事行政大權。將官不能世守一方，統率一軍。“三藩”戰爭中立有大功的趙良棟，也被調離原領的綠旗。
（二）將領升調，不準攜帶兵丁。康熙《會典》規定：“凡擅帶營兵：提督、總兵官等升任別省，將本省營內經制兵丁帶赴新任者，十名以下罰俸一年，十名以上於現任內降一級。”將領不能再豢養自己的私人武裝力量，明末軍隊中的家丁親兵制度被廢除了。
（三）將帥調兵，需要呈報皇帝批准。康熙《會典》規定：“若無警急，不先申上司，不待回報，輒於所屬擅調軍馬，及所屬擅發與者，各杖一百、罷職，發邊遠充軍。”沒有皇帝的“御寶聖旨”，將帥不能調動本部兵丁，兵權更集中於皇帝了。
康熙帝對綠旗兵丁也存有戒心，曾說：“凡地方有綠旗兵丁處，不可無滿兵。滿兵縱至糧缺，艱難困迫，至死斷無二心。若綠旗兵丁，至糧絕時，少或窘迫，即至怨憤作亂。”（《清聖祖實錄》卷二七四）爲加強對綠旗兵的控制，綠旗將官出缺時，可派滿人補任。滿洲八旗兵與綠旗兵共同作戰時，綠旗官兵要接受八旗將領的指揮。